饕防耄刹换岬人溃橇粝乱桓鏊退赖奶嫔恚！癎ood，把那些装置搬走就万事大吉……”凯恩一边吩咐这些科研人员，此时，指挥官凯撒进来了。
“指挥官，你都看到了，在我们的圣地里，竟然发生这样的丑事！”凯恩愤怒地道，“我们的部队竟然会攻击大神宫，这是背叛，叛徒！现在，是该处理这些叛徒，抛弃这些叛徒的时候了，指挥官，我会把大神宫的防御交给你，让你来对付那些袭击大神宫，袭击你的叛徒！对了，我告诉你一个好消息。”凯恩点了一下屏幕，顿时，屏幕上出现一支部队的消息，凯撒看了相当惊讶。
“不错，指挥官，那就是你的部队，之前我把你的主力部队都调走了，为了防御北面的威胁——谁知道GDI竟然在匈牙利埋伏了一支伏兵，而你的部队不愧是Nod最精锐的利刃，三两下就搞定了他们。现在，我们可以专心对付南面而来的威胁，包括叛徒和GDI！”凯恩解释道，“现在，把大神宫的精锐与你自己的部队合并在一起，组成Nod最强的战斗力量！另外，数日前我已经把阿尔巴尼亚军火库里的精华搬到这里，启用它们，狠狠地教训那些叛徒，让他们知道，大神宫不是好惹的！”
指挥官听得热血沸腾，恨不得现在就抄起家伙跟那些叛徒拼命！不过凯恩话锋一转，面带笑容，道：“但是，现在却是值得庆祝的时候！因为你及时送来液态泰伯利亚，这是我的计划的关键，现在，第二阶段的准备工作已经完成，陷阱已经设下，诱饵已经放置，GDI将会自掘坟墓。如果这能顺利进行，那我们就能进入第三阶段，升天！到那时，我会在核心幕僚里给你留一个位置，因为你做出巨大的贡献。先别激动，我们现在还有事要处理，先干掉那些叛徒，我有更重要的任务交给你！”
于是，指挥官凯撒激动地领命而去，接管了整个大神宫的防御。有了他之前的主力部队的加入，现在他如虎添翼，防御整个大神宫没有任何问题！
不过，“基莲”的叛军却给大神宫造成了麻烦，他们不断用眩晕轰炸机来袭击大神宫，不过，之前轰炸机携带的恐怖炸弹已经用光了，这回都是普通炸弹，幸好。现在，凯撒要给这些不可一世的眩晕轰炸机一个深刻的教训。
此时，战场参谋官阿贾终于再度出现了，他一回来，便给凯撒带来一个好消息：“指挥官，我给你带来一批好东西——中国造的火箭弹，用这东西去教训那些叛徒吧！对了，这个叛徒是谁？基莲？你说是基莲？！哼，我早就怀疑她了，她常常质疑凯恩的话，如果说谁最先背叛凯恩，那就只有基莲！女人……哼，果然是信不过！无论如何，先处理好眼前的事情，我想凯恩知道怎么对待叛徒。”
阿贾送来的这堆火箭炮，可谓是及时雨，凯撒马上启用，几分钟之内就将叛军的垂直起降机场炸得一团糟，叛军便没有了空中优势。然后，圣灵机甲等重型装备登场了！叛军的地面火力并不多，因为人数本来就不多，只有Legion带来的部队，还有爱丽莎后来增援了一批，她自己也调动不了太多人。如今再圣灵机甲的突击下，叛军节节败退。此时，凯撒适时地出动了毒液直升机——这种直升机的装甲太过脆弱，一般不能作为主力，但这次凯撒有另一种武器来辅助——光束炮。
毒液直升机拥有一块高精度反射镜，可以与光束炮结合，把光束炮的激光反射到敌军那里去，射程大大增加。而同样脆弱的光束炮，就躲在基地里一个劲地开火就行了，两者的结合，再配合重型部队的途径，起到了相当大的骚扰作用，还能迅速摧毁敌方建筑。
“投降！叛徒们，你们已经失败了！”凯撒厉声向溃败的叛军劝降，谁知这些叛军强硬得很，竟然死战！而且，还高呼着“基莲万岁”，然后冲向圣灵机甲送死。
阿贾看着战场上这些疯狂的叛军部队，脸色铁青，恨恨地道：“基莲不知让他们吃了什么药，竟然让他们效忠至此！看来，这个女人早有反心！”
同样脸色铁青的还有凯恩，他最不能容忍有人质疑他，更不能容忍出现了另一个威望极高的领导者来威胁他。不过，现在的凯恩并未说什么，只是阴沉着脸继续执行他的计划，“升天”计划比什么权力斗争还要重要！
基莲背叛的事情，让整个Nod高层人员都十分愤怒，不过后来GDI发射离子炮，造成惨剧，再过一个月，那是阿贾重新思考这个问题，发现基莲的背叛一事很有破绽：首先，当时基莲的主力部队都还在澳大利亚，而且被GDI攻击得焦头烂额，哪有余力组织这么多部队反叛？其次，这些叛军刻意宣扬基莲的观点，甚至是刻意强调，如果站在基莲的角度上考虑，这么做对她没有好处，因为道义上她就吃亏了，就算能消灭凯恩坐上宝座，底下的人也不会服从，明智的做法是让另一个人反叛，攻陷大神宫，然后基莲自己再“平叛”，以英雄、为前领袖复仇者和继承者的身份坐上最高宝座，这才比较英明。如果刻意宣扬自己，并且用自己的主力去拼杀，得利的反而是第三者。最后，这些叛军个个都死战，没有活口，表面上看好像是基莲养的死士，好像这就是基莲有罪的理由，实则不然。作为反叛军，他们知道反叛失败的下场，那就是死，而且是折磨至死！与其投降后被折磨至死，还不如直接战死，当然人品爆发战胜所有敌人那就最好了，虽然只是小概率事件。如果反叛的不是基莲，而是别人，却在陷害基莲，那么必然不能留下活口，这批叛军死战就理所当然了。
那时，阿贾已经想通了，萨拉热窝的反叛军，十有八九不是基莲的部队，所以那时凯恩要求阿贾给基莲判罪之时，阿贾犹豫了，最后说他不知道。但是，那时的阿贾却不能把他分析的理由说出来，那样只会祸从口出。至于凯恩，在原剧情里仍然处死了基莲，以凯恩的智力，肯定想通了这样的反叛对基莲十分不利，十有八九不是她，但是Nod公众知道的事实却是基莲反叛，凯恩必须杀鸡儆猴。在《凯恩之怒》中，最后暴露出这是爱丽莎女修士长嫉妒基莲而搞出的陷害阴谋。不过，这都是后话了，现在的阿贾处于愤怒之中，而凯恩心中深深忌惮，加上他还有别的事情要做，所以影响了他们的判断。基莲，已经背上黑锅了。
萨拉热窝，大神宫前面的背叛行为已经被凯撒快刀斩乱麻般解决了，现在，指挥官凯撒被召进大神宫之中，凯恩给他一个命令：“指挥官，带上你的部队，前往澳大利亚。我最强的海军——北方舰队，将在克罗地亚的海边接应你。你带着你的精锐去澳洲救援基莲的残兵，下一阶段的任务需要他们，快去！”
于是，凯撒根据命令，带走了萨拉热窝一半的部队，前往澳大利亚，帮基莲解决了GDI的问题。而这支部队的撤走，让大神宫兵力大减，这也为GDI下一步的“胜利进军”提供了机会。如果这支部队不走，穆巴拉夫的部队还不一定能攻陷大神宫。
两天后，GDI的总部再次发生了争吵。
执政官波意尔要让部队继续强攻萨拉热窝，为了他的政治目的，为了他能成为“消灭Nod”的英雄，但格朗哥中将不同意。
“波意尔，停止你那些政治把戏！”格朗哥驳斥道，“我们为了进攻那座Nod宫殿，已经耗费太多兵力了，然而他们却惨败而归（格朗哥指的是在斯洛文尼亚损失了三个基地，还有奥巴牛的部队进攻大神宫却全面败退）！我们已经看到了，Nod仍然实力强大，胜负并不能轻易分出来，我们必须继续消耗他们的实力，等他们虚弱不堪再寻找机会摧毁他们！”
“格朗哥将军，收起你那些陈词滥调吧！”波意尔也毫不客气，针锋相对地道，“消耗他们的实力，二十年前就有人这样说过！十多年前，我们以为已经胜利了，已经完全摧毁Nod，谁知道他们竟然暗中壮大到如此地步！我的观点是，必须尽早消灭Nod，否则他们阴魂不散！格朗哥，我们的离子炮已经恢复工作了吧！”
格朗哥鄙视地看了一眼波意尔，道：“执政官阁下，您是否知道Nod已经在大神宫安装了三个离子炮护盾，让我们根本无法攻击！如果要使用离子炮，就必须摧毁Nod防御，才能摧毁他们的鬼护盾；而如果能摧毁Nod防御，那就可以直接消灭他们，也不需动用离子炮了。你知道，那座该死的宫殿已经被重兵把守，我们已经损失了太多兵力……”
“那是因为你没有出动我们最强的军事精英！指挥官，现在是你出场的时候了！”波意尔意气风发地挥动手杖，命令穆巴拉夫的军队发动进攻，此时，格朗哥也没有理由反驳了，他刚才的理由都有太多破绽，现在只能让穆巴拉夫去试试，看能否得手了。
于是，穆巴拉夫的部队便由克罗地亚进入塞尔维亚，继续进攻萨拉热窝！同样，刘云仍然接管了部队的控制权。
在战斗界面上，刘云正向白万松解释着：“Nod大神宫虽然调走一半军队，但防御仍然很强悍，特别是防空力量，这里面遍布密密麻麻的萨姆防空导弹，竟然有好几千枚！看来Nod军工厂也卯足马力来生产这些。所以，用GDI的部队从空中进攻那是找死，只能地面部队强攻。”
白万松忽然问道：“老大，GDI他们真是笨哪，为什么不用长程导弹呢？”
刘云解释道：“不是他们不想用，而是那个凯恩确实有些手段，他在大神宫的防御墙内装了无数的干扰装置，GDI的卫星制导都不起作用，因为他们技术不够。不过，哼，我们已经知道这场所谓消灭Nod总部的战争其实是个陷阱，凯恩这个家伙在大神宫顶部放置了液态泰伯利亚炸弹，只要离子炮攻击就会引爆。他似乎……还在向外星人发送某种信息，我现在还无法了解那个�