和诚意，政府应即召回代表，并宣布和谈破裂之责任属共方；第二，为保卫国家独立自主精神，以践履联合国宪章所赋予之责任，对于向以促进国防合作、维护世界和平目的之外交政策，应子维持；第三，为切实维护人民之自由生活方式，应停止所有施行暴力之政策，对人民之自由权利及其生命财产，应依法予以保障；第四，双方军队应在平等条件之下，各就防区自行整编，其整编方案，必须有双方互相尊重共同实行之保证；第五，政府之组织形式及其构成分子以确能保证上述第二、三、四各项原则之实施为条件。”
看罢何应钦的电报后，南京政府和谈代表团成员无不摇头叹息。在蒋介石的操纵之下，国民党中央突然提高谈判价码，使南京的谈判代表们刚刚看到的和平希望迅速化为乌有。他们心里清楚，划江而治的希望已经破灭，要求双方停火，实际上只是请求对方停止进攻。
进一步的谈判工作已更加困难。于是，张治中愤然致信蒋介石：“默察大局前途，审慎判断，深觉吾人自身政治经济腐败至于此极；尤其军队本身之内腐外溃，军心不固，士气不振，纪律不严，可谓已濒于总崩溃之前夕。同时在平十日以来所闻所见，共方蓬勃气象之盛，新兴力量之厚，莫不异口同声，无可否认。假如共方别无顾虑之因素，则殊无与我谈和之必要，而具有充分力量以彻底消灭我方。凡欲重振旗鼓为作日后之挣扎者，皆为缺乏自知不合现实之一种幻想！此非怯懦自卑之言，实由我方党政军内腐外溃之情形，积渐所致，由来已久，大势所趋，大错铸成。尤其既失民心，今已不可复得。”
此信由屈武带回南京托吴忠信转交蒋介石，蒋阅此信后，大发雷霆，仍我行我素，毫无更张之意。
4 月12日，何应钦来电转达南京政府和谈指导委员会作出的五项决议，即：第一，战争责任问题，可依据代表团所谈原则处理；第二，所邀南京参加签字各位，届时再作出决定；第三，签约后驻军，第一期最好各驻原地；第四，新政协及联合政府事，等中共提出方案后再行研究；第五，渡江问题及联合政府事，等中共提出方案后再行研究。
12日下午，南京代表团开会讨论自己在解放军过江问题上应有的态度。讨论中，代表们明显地同南京政府有不同的认识。
“渡江在原则上我们已经承认，怎么好推翻？”张治中很尴尬地说。
“岂有此理。这问题我们大家都已向中共承认，怎能说话不算数！”章士钊忿忿不平地说。
“我打电报给他们说，拒绝渡江决不可能，即要求缓渡，也很难能行得通，让他们了解中共行市。”满脸愁云的邵力子说。
听了邵力子的主张，张治中若有所思，轻轻摆摆手说：“像邵先生所说的似可不必，因为那样好像我们在代表中共说话。我们只好说我们正在和中共继续商谈中。”
此刻，一直沉默不语的李蒸表示：“渡江非常危险，如果中共大军在签字后即行渡江，那南京政府还怎么能行使职权呢？我们只有两条路：一条是彻底靠近中共，与主战派开火；另一条是因此而宣告谈判破裂。”
“我们既为和平而来，当和成而返，破裂还有什么前途？事到今天和谈只许成功，不许失败。我们应尽力争取中共缓渡江，因为缓渡江确对全面和平运动之推进有利。但如果中共不答应，非马上渡江不可，那么我们不承认这是和谈破裂。”邵力子颇不甘心地说。
刘斐则认为：“不是我们要不要破裂，而是南京同意不同意。”
谈到争取中共方面暂缓渡江，章士钊认为：“过去李德邻没有力量，因高唱和平而增加了力量。因此之故，如缓渡江，假李德邻以时日，使其政治力量继续增加而扩大，对李德邻。对中共、对人民均有利。”
李俊龙的看法刚好和章士别相反，他认为：“三两个月恐怕不能增强南京力量。相反地怕只好加强溪口力量，为人民计，恐怕还是中共马上渡江的好。如今只有三策：上策是中共接受我们意见，缓渡江；中策是中共一定要马上渡江；下策是和谈破裂。为人民计，宁取中策。”
会议最后决定，请章士钊出面设法向毛泽东通融，要求中共考虑在和平条约签订后能够暂缓渡江。但为时已晚，4 月13日早晨，周恩来已把中共方面起草的《国共和平协定（草案）》正式提交给南京代表团，并通知当天晚上开始正式会谈。该草案其实是周恩来根据毛泽东开列的八项条件细化后产生的。
但是《国内和平协定（草案）》，依照与南京代表团达成的意向，作了某些妥协：确实没有提到战犯的名单；没有规定整编人数；同意成立整编委员会，同意南京政府待联合政府成立后再办移交；同意吸收南京政府代表参加新政协和吸收若干国民党人参加联合政府。
《协定（草案）》甚至没有直接提到解放军过江的时间问题，表示了中国共产党的宽宏大量和言而有信。
但是，在另一个方面，《国内和平协定（草案）》，首先历数了国民党自1946年破坏停战及政协决议、发动全面战争的罪行；然后，分别依据毛泽东所提八项条件，具体提出了实现八条二十四款办法；明确规定人民军事委员会有权命令过渡期内的南京政府。
晚上九时，正式会谈在中南海勤政殿举行。大厅中间横放着一张长条桌，双方代表分坐两侧。条桌两侧的后面各有三张小条桌，是双方列席和记录人员座位。周恩来率中共代表团由勤政殿东向进入会场，张治中率南京代表团由勤政殿西面进入会场，气氛十分严肃。
周恩来首先发言，开门见山，言简意赅地阐明了中共方面的观点，希望南京政府代表团能够接受这个《国内和平协定（草案）》。接着，周恩来又对《国内和平协定（草案）》各个款项的具体内容逐项作了说明。关于惩办战争罪犯问题，他说：“这次战争中主要战犯必须惩办。如果他能认清是非，翻然悔悟，出于真心实意，确有事实表现，因而有利于中国人民解放事业之推进，有利于用和平方法解决国内问题者，可以取消战犯罪名，给以宽大待遇。”
张治中当场表示：“代表团诚恳地承认国民党方面的错误和失败，但《协定》中有些过于刺激的字句，希望能够酌加删节；战争责任问题，希望不要作成条文；更不宜在条文上规定南京政府为人民革命军事委员会所辖的一个机构。”
第二天，周恩来等专门向在北平的各民主党派代表具体介绍《国内和平协定（草案）》内容和南京代表团的意见。与会各党派代表几乎众口一词地认为《协定（草案）》的文字及内容已经相当宽大，无论如何不要再让步了。但从策略上考虑，为最大限度争取李宗仁、白崇法，中共中央仍旧下决心对《协定（草案）》进行某些具体的修改。
4 月14日，南京代表团经过一天的研究，提出了一个修正案，逐一说明关于取消原草案中有关刺激性字眼的建议，并特别要求不写上关于过渡期内的南京政府必须对人民革命军事委员会负责，受其统辖之类的词句。当晚，张治中把这个修正案交给周恩来。两人进行了长时间交谈。
此时，已到4 月中旬，长江的汛期即将到来。考虑到长江水位等实际问题，中共中央决定不再拖延时间，速议速决。
4 月15日晚7 时，周恩来与张治中见面，在参照南京代表的意见，修改了部分文字后，把最后定稿的《协定（草案》交给了张治中，并定于当晚9 时在勤政殿举行第二次会议。周恩来向张治中表示：这是最后的一个文件。张治中说：“所谓最后的文件，是不是解释为最后通牒？是不是只许我们说一个对或者不对？”周恩来表示：这是最后态度。张治中说：“也好，干脆！”
当晚九时，第二次正式会谈开始，周恩来具体说明了协议修改的内容。首先是中国人民革命军事委员会的权力问题，我方同意在联合政府成立前，南京政府与人民军事委员会的关系应为协商合作关系。同时，周恩来表示：凡原有的带刺激性的字眼都已去掉，但军队改编、政权接收等则不能改变。
周恩来特别强调：中国共产党对于反动好战分子，不相信有什么办法能够感动他们，他们对和平协定的破坏与阻挠是必然的。无论协定成败与否，中国共产党不能不考虑如何对付他们和打击他们的阴谋。中共之所以必须过江，也就是为了这样的目的。协定不成，解放军立即以武力的方式过江；协定达成，解放军也要和平地过江，占据长江下游十个县的地区，以使任何敢于破坏和平协定的国民党军队不能不有所顾虑。
周恩来进一步说：人民解放军没有宣布过停战。南京国民政府曾经要求停战讲和，我们没有同意。我们只同意这个协定签订之后永无内战。为了使谈判更顺利，我们愿在谈判进行期间命令人民解放军暂时不渡江。但是我们不能无限制地受到约束，所以我们今天正式地告诉文白先生，请南京代表团回南京去的先生转告李宗仁和何应钦，我们只能约束到本月20日为止。到那时还不能获得协定签字，那我们就只有渡江，不能再拖延到20日以后了。
周恩来的解说，标志着南京代表团的使命事实上已经完结。
周恩来讲完后，张治中只是简单地发表了自己的意见和感想，并声明明天即派人到南京请示，再行答复。
最后，周恩来又解释文件为什么采取最后方案的做法。他说：如果我们没有最后的定稿，就使南京代表团无以说服南京当局：没有这个最后的定稿，就不能使它考虑同意与不同意的问题。我们认为，一个问题一定要有一个结束。我们提的最后方案，南京代表团乃至南京当局都有他的自由，就是同意或者不同意。
会议