省Ｔ�1601年，李费提出这一理论，真可以说切合时宜，也可以说不幸而言中。就在这一年，努尔哈赤创立了他的八旗制度，把他所属的各部落的生产、管理、动员、作战归并为一元，改造为半现代化的军事组织。而也是仅仅两年之前，这个民族才开始有了自己的文字。就凭这些成就，努尔哈赤和他的儿子征服了一个庞大的帝国，实质上是一个单纯的新生力量接替了一个“文权”的王朝。所谓“文极”，就是国家社会经济在某些方面的发展，超过了文官制度呆板的管制力量，以致“上下否隔，中外联携”。努尔哈赤的部落文化水平低下，但同时也就在“质”上保持着纯真。舍此就波，泰否剥复，也似乎合于《易经》的原则。
然而在这易代的前夕，李蛰又如何为自己打算呢？即使其对李蛰还不是古稀的高龄，他也用不着考虑这个问题了。因为问题已经为利科绘事中张问达所解决。张问达递上了一本赛疏，参劾李蛰邪说惑众，罪大恶极。其罗织的罪状，有的属于事实，有的出于风传，有的有李蛰的著作可以作证，有的则纯出于想当然。其中最为耸人听闻的一段话是：“尤可根者，寄居麻城，律行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引土人妻女入庵讲法，至有携装枕而宿庵观者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆土人妻女也。”接着，给事中提醒万历皇帝，这种使人放荡的邪说必将带来严重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”此外，由于李蛰妄言欺世，以致佛教流传，儒学被排挤，其情已形极为可怕：“选来缓绅大夫，亦有学咒念佛，奉僧膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为皈依，不知遵孔子家法而溺意于禅教沙门者，往往出矣。”而最为现实的危险，还是在于李蛰已经“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”。
皇帝看罢奏流之后批示：李蛰应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。
在多数文官看来，李蛰自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李蛰被捕之日，天主教传教土、意大利人利玛窦（此人和李蛰也有交往）早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学上尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲想圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为利部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用怫经，但是在1599年，即李蛰被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学土，他正在精研‘位藏”和“佛藏”。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李蛰，毕竟不能算做理直气壮。
但是另一方面，李蛰之所以罪有应得，则在于张问达的奏流具有煽动的力量，而他使用的‘罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。
从各种有关的文字记载来看，李蛰在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回淹了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。
一天，李蛰要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自机但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李蛰作了一次简单的对话。当时李蛰已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：
问：“和尚痛否？”
答：‘不痛。”
问：“和尚何自割？”
答：“七十老翁何所药”！
据说，袁中道的记载，在自刎两天以后，李蛰才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李蛰“不食而死”。
从个人的角度来讲，李蛰的不幸，在于他活的时间太长。如果他在1587年即万历十五年，也就是在他剃度为僧的前一年离开人世，四百年以后，很少再会有人知道还有一个姚安知府名叫李蛰，一名李载蛰，字宏父，号卓吾，别号百泉居上，又被人尊称为李温陵者其事其人。在历史上默默无闻，在自身则可以省却了多少苦恼。李蛰生命中的最后两天，是在和创伤血污的挣扎中度过的。这也许可以看成是他15年余生的一个缩影。他挣扎，奋斗，却并没有得到实际的成果。虽然他的《焚书》和《藏书》一印再印，然而作者意在把这些书作为经筵的讲章，取土的标准，则无疑是一个永远的幻梦。
我们再三考虑，则又觉得当日李蛰的不幸，又未必不是今天研究者的幸运。他给我们留下了一份详尽的记录，使我们有机会充分地了解当时思想界的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱高和王阳明的是非长短，由于李蛰的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李蛰的著作，使我们得到从另一个角度观察的机会。
当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。1587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文盲的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。
万历十五年 附录一
（万历皇帝于1590年8月25日与申时行等召对纪录。全文照《神宗实录》卷225排印。）
是日，上御门毕，召辅臣时行等见于皇极门暖阁。上出陕西巡抚赵可怀奏报虏情本手授时行曰：“朕近览陕西总督抚梅友松等所奏。说虏王引兵过河，侵犯内地，这事情如何？”时行等对：“近日洮州失事，杀将损军，臣等正切忧虑，伏蒙圣问，臣等敢以略节具陈：洮河边外，都是番族。番族有两样。中茶纳马的是熟番，其余的是生番。先年虏骑不到，只是防备番贼，所以武备单虚，仓猝不能堵遏。如今虏王过河，是被火落赤勾引，多为抢番，又恐中国救护，故声言内犯。然虏情狡诈，不可不防。”上曰：“番人也是朕之赤子。番人地方都是祖宗开拓的封疆。督抚官奉有敕书，受朝廷委托，平日所干何事？既不能预先防范，到虏酋过河，才来奏报。可见边备废弛。皇祖时各边失事，督抚官都拿来重处。朝廷自有法度。”时行等对：“皇上责备督抚不能修举边务，仰见圣明英断，边臣亦当心服。如今正要责成他选将练兵，及时整理。”上曰：“近时督抚等官平日把将官凌虐牵制，不得展布，有事却才用他。且如各边，但有功劳，督抚有升有赏，认做己功。及失事便推与将官，虚文搪塞。”时行等对：“各边文武将吏，各有职掌，如总督巡抚，只是督率调度。若临战阵定用武官，自总兵以下，有副总兵、有参将、游击、守备各分信地，如有失事，自当论罪。”上曰：“古文臣如杜预，身不跨鞍，射不穿札。诸葛亮纶巾羽扇，都能将兵立功，何必定是武臣？”时行等对：“此两名臣古来绝少，人才难得。臣等即当传与兵部，转谕督抚诸臣，尽心经理，以纾皇上宵旰之忧。”上曰：“将官必要谋勇兼全，曾经战阵方好。”时行等对：“将材难得。自款贡以来，边将经战者亦少。”上曰：“重赏之下，必有勇夫。只是不善用之，虽有关张之勇，亦不济事。”时行等对：“近日科道建言，要推举将材，臣等曾语兵部，及早题复。今九卿科道会同推举。”上曰：“前日有御史荐两将官。”时行等对：“所荐将官一是王化熙，曾提督巡捕，臣等亲见，亦是中才，只宜腹里总兵。一是尹秉衡，曾称良将，今老矣。”上曰：“不论年老。赵充国岂非老将？只要有谋。”时行等对：“将在谋不在勇。圣见高明，非臣等所及。”上又曰：“朕在九重之内，边事不能悉知。卿等为朕股肱，宜用心分理。如今边备废弛，不止陕西。或差有风力的科道或九卿大臣前去。如军伍有该补足，钱粮有该设处着一一整顿。书云：事事有备无患。须趁如今收舍，往后大坏愈难。”时行等对：“当初许虏款贡，原为内修守备，外示羁縻。只为人情偷安，日渐废弛。所以三年阅视，或差科臣，或差彼处巡按御史。”上曰：“三年阅视是常差。如今要特差。”时行等对：“臣等在阁中商议，要推大臣一员前去经略，且重其事权，使各边声势联络，庶便行事。容臣等撰拟传帖恭请圣裁。”上曰：“还拟两人来行。”已复言款贡事。上称：“皇考圣断者再。”时行等言：“自俺答献逆求封，赖皇考神谟独断，许通款贡，已二十年，各边保全生灵何止百万。”上曰：“款贡亦不可久恃。宋事可鉴。”时行等对：“我朝与宋事不同。宋时中国弱，夷狄强，原是敌国。今北虏称�