但此时都或为避嫌疑、或托有事而远离曾国藩。湖南布政使徐有壬闻报后更是惊恐不已，彻夜不眠，第二天即会同按察使陶恩培一起给巡抚骆秉章发文，要求弹劾曾国藩，并解散湘军。
此时，唯有左宗棠前往劝说曾国藩。据左宗棠的《铜官感旧图序》载，左宗棠是在曾国藩返回长沙郊区的第二天早晨去见曾国藩的，“缒城而出，省公（指曾国藩）舟中，则气息仅属。责公事尚可为，速死非议，公瞑目不语”。
当时，因左宗棠任湖南巡抚幕宾，巡抚对他依畀甚重，所以湖南之政治、军事、财经大权左宗棠皆可作主。曾国藩出任湖南团练大臣，在许多地方都得到了左宗棠的帮助。首先，巡抚张亮基邀曾国藩训练湘勇，是得力于左宗棠的推荐。其次，曾国藩招募湘勇，所需经费大多由左宗棠帮助筹措，据左宗棠自己说，他在任巡抚幕宾期间，共为曾国藩的湘勇筹银近三百万两，只此一条，就足以令曾国藩对左宗棠感激不尽；再次，曾国藩与湖南官场的种种矛盾，常常赖左宗棠得以化解。
终其一生，曾国藩与左宗棠二人的关系，大致可以分为三个时期：从咸丰二年至咸丰十年，基本上是左宗棠关照曾国藩的时期；从咸丰十年至同治三年，大致为曾国藩关照左宗棠的时期；同治三年以后，则为两人互相隔绝的时期。
曾国藩与左宗棠的交往过程，最能体现曾国藩“谋国之忠”的为人处事之道。
靖港之败后，左宗棠的确有恩于曾国藩，但咸丰七年，曾国藩对左宗棠却又恨得咬牙切齿。咸丰七年二月，曾国藩的父亲曾竹亭去世，正陷于江西战争泥潭中的曾国藩视此为脱离困境的良机，未得朝廷允可，便扔下江西的烂摊子回家奔丧去了。左宗棠闻听此事后，对曾国藩此举极为愤慨，指责他自私虚伪，湖南官场也乘机群起攻击，使曾国藩内心极为痛苦，因此发誓不再与左宗棠来往。
内王外圣曾国藩（4）
然而，事隔一年半，当咸丰八年朝廷再次起用曾国藩时，曾国藩回想当初左宗棠对自己的指责，也并非全无道理。而且，今后带兵打仗，还有许多需要依靠左宗棠的地方，因此决定不计前嫌，前去拜访左宗棠，并撰写了“敬胜怠，义胜欲；知其雌，守其雄”的联语，请左宗棠为他彖书。曾国藩这么做，一方面是借此使两人的关系得到缓和，一方面则表示自己的悔过之意。
咸丰九年，永州镇总兵樊燮因挪用公款、私役兵弁被人告发，巡抚骆秉章令左宗棠代拟奏折，劾请将樊燮撤职查办。而樊燮则通过湖广总督官文的关系，反告左宗棠，说他把持衙门、挟持巡抚、行事专断。咸丰帝接奏后，便专为此事派人前往审讯左宗棠，并密令官文：“如左宗棠有不法情事，可即就地正法。”一时间，左宗棠命在旦夕，在给友人的信中，有了脱离官场的想法。
曾国藩闻知此事后，私下给左宗棠写信，表达了他对左宗棠的关切：“樊案本出意外，润帅焦灼急切，然窃闻外议，实无锄兰焚芝之意，何可夷然处之，以为何如？”五天后又去信说：“在雪堂时，得闻樊案又生波折，深恐台端愤悒自伤，适丁果臣一信，道所以处之之法甚精当，想润帅已抄送左右矣。”
由于骆秉章、胡林翼、潘祖荫等以“天下不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”为由上疏为左宗棠说情，肃顺也劝咸丰帝人才难得、不可草率，咸丰帝下旨对左宗棠“弃瑕录用”，官文接旨后，才不再追究此事。不过，虽然此案有惊无险，但它带给左宗棠的刺激极大，咸丰十年正月，此案稍微有了一点转机，左宗棠便辞别骆秉章，决意离开湖南，前去赴试。但刚到湖北，就接到胡林翼的来信，称仍然有人要借机陷害他，劝他不要前赴京师。至此，狂傲一世的左宗棠才有了走投无路之感：回长沙的路已断，返乡务农，不单是有违初衷，也躲不过害人者的迫害。他的这种心态，在给刘意诚的信中体现得淋漓尽致：“杞人之忧，曷其有极！侧身天地，四顾苍茫，不独蜀道险，马首靡托已也。”
在走投无路的情况下，他想到了投奔曾国藩：“不得已，由大别沿江而下，入涤老营，暂栖羁羽。”
当时，曾国藩正全力攻安庆，对于左宗棠的到来，他表现出了极大的热情，接连多次与他攀谈，商讨攻取安庆之法。恰好这时，朝廷来谕询问曾国藩，对左宗棠应如何安置：“左宗棠熟悉湖南形势，战胜攻取，调度有方。目下贼氛甚炽，而湖南亦所必欲甘心，应否令左宗棠仍在湖南本地襄办团练等事，抑或调赴该侍郎军营，俾得尽其所长，以收得人之效？着曾国藩酌量处理。”
曾国藩接谕后，立即回言，称左宗棠“刚明耐苦，晓畅兵机”，请予重用。朝廷接到曾国藩的回奏后，果然从曾国藩所请，命左宗棠以四品京堂候补，随同曾国藩襄办军务。
左宗棠回湖南招募了五千楚勇，几个月后即奔赴前线，在江西连克德兴等城、大破李世贤部，曾国藩为此上奏朝廷，在详细进述战斗过程后，还专门奏上了《请将左宗棠改为帮办军务片》。朝廷依曾国藩的请求，把左宗棠的襄办军务改为帮办军务，并给予左宗棠丰厚的赏赐；咸丰十一年十一月，曾国藩又给朝廷上奏，请允许左宗棠赴浙，并把江西广信、广丰、玉山、饶州和安徽徽州等地的陆军和内河水师统归左宗棠就近调度，并允许左宗棠可自行向朝廷奏报；朝廷在十月十八日，上谕中令曾国藩节制浙江省的军务，曾国藩以路途太远为由，保举左宗棠督办浙江军政，同时保举他为浙江巡抚。
内王外圣曾国藩（5）
就这样，在曾国藩的不断保举下，左宗棠级级跃升，至咸丰十一年已升为浙江巡抚，而到了同治二年，又被提拔为闽浙总督，兼署浙江巡抚，地位已与曾国藩相等了。
同治元年（1862年）秋至同治二年期间，江西巡抚沈葆桢与曾国藩为了争夺财源发生了矛盾。早在咸丰十一年江西巡抚毓科任内，曾国藩奏定江西漕折拨给湘军粮台，厘金亦归曾国藩派员到江西各城镇征收。《北京条约》订立后，同治元年春，九江开埠通商，设立了九江关，曾国藩又奏拨九江关税亦归湘军粮台。同年四月，曾国藩推荐其门生李鸿章出任江苏巡抚，并将上海关税月入六十余万两，全部归其使用。同年六月，湘军水师攻陷江浦，从扬州到汉口，长江片帆可通，淮盐销引，不再受阻，盐利成为湘军新辟的一大财源。曾国藩的饷源来路已广，但仍未减轻江西负担，引起了沈葆桢的不满，沈葆桢认为曾国藩对李鸿章与对他厚薄不同。且江西军费与日俱增，因此沈葆桢奏请停拨支援湘军的漕厘折，清政府批准了他的请求。对此，曾国藩耿耿于怀。同治二年七月十三日，沈又奏准九江关税先尽江西充作军饷，他在奏折中表示：“过境之兵、与在省作战的湘军，自当为之筹饷，以致江西财单力孤，今所幸闽浙总督左宗棠派兵来赣作战，极谅江省苦痛，派来刘典援师，血战于江，转饷于浙。现在军饷力难支持，不得不将九江关税尽数提归本省应用。”曾国藩自然不甘心丧失这一财源，上疏力争，沈葆桢愤然提出辞职。以后又发展到了沈葆桢不许曾国藩包揽江西厘税。
当曾国藩与沈葆桢矛盾激化时，左宗棠也认为曾国藩的手伸得太长，不仅侵害了沈葆桢所辖的江西的税收，也影响了左宗棠的利益。
因为当时左宗棠亦想在安徽的徽州、江西的广信行销浙盐，以便将此二地作为浙盐的引地而征收盐厘。但因曾国藩坚持他原已提出的只论辖地不论引地的征税原则，致使曾国藩所辖的江苏、安徽、江西的盐厘皆归自己所有，并“引鄂湘之收淮厘证之”。于是左宗棠致函曾国藩针锋相对地指出：“鄂湘所抽之厘仍以川粤私盐多，而淮南北不过偶有其事”，且所谓两淮之盐又以淮北之盐为多。所以恰恰证明鄂湘所征收之税是征引地而非征辖地之盐厘，而你“先资鄂湘话柄反也”。左宗棠还说，现在安庆九洲等地已先后克服，长江水路已畅通，两淮盐法整顿，足以充分军饷，何愁盐不足而销不广，淮南之盐引销淮南引地于义为正，江楚谁得罪之？鄂湘何能与公争？而你却利用两江总督的职权，仍然把持江西的盐厘不放。左宗棠警告曾国藩：“公与弟均尚气好辩，彼此争论，更涉形迹，于大体多所窒碍。”这些话既表明了左宗棠自己与曾国藩争夺盐厘的矛盾，也间接地支持了江西巡抚沈葆桢，这更惹恼了曾国藩。他凭借两江总督的职权，干脆将原已划归左军的景德镇、河口、乐平、婺源等地的厘卡全部夺回，并且排挤左宗棠派往湖南、上海等地的办捐人员。这些举动更使左宗棠气愤，他慨叹道：“天下之盗贼易除，人心之盗贼难去。”
湘系魁首之间的矛盾和斗争，对于疑忌汉族官僚的满洲贵族来说可谓正中下怀。为了牵制用事太久、兵权过重、利权过广的曾国藩，慈禧就有意支持、扶植左宗棠和沈葆桢，提升左为闽浙总督，使之能与曾抗衡，借此牵制和削弱曾国藩的权力，抑制其势力的发展。
由此，自从同治三年六月湘军攻破南京后，曾国藩与左宗棠的关系更趋恶化。从现有资料看，自同治三年六月后，曾国藩只给左宗棠写过一封信，此后两人便再无书信往来。
但是在曾、左两人的晚年岁月中，也有互相推崇、协同一致的时候。如左宗棠在湘军镇压太平天国结束后，前往陕甘镇压回民起义及西进的捻军，其后勤保障大量依靠任两江总督的曾国藩供给。
曾、左的这种隔阂直到曾国藩死后才得以“打破”。曾国藩死后，他的生前好友纷纷写来挽联，左宗棠也写来一联：
谋国之忠，知人之明，自愧不如元辅；
同心若金，攻错若石，相期无负平生。
左宗棠的这副挽联应是两人一生关系的客观总结，也反映了左宗棠在某