闻讯，明世宗非常高兴，立即嘉奖这两位河总，并晋升潘季驯为右副都御史。
世宗皇帝的嘉奖令和擢升旨传来，潘季驯松了一口气，不为自己的擢升，而是庆幸自己躲过了一劫。
嘉靖四十五年（1566年）11月，正在治黄一线的潘季驯接到了乌程老家传来的噩耗：母亲病逝。
泪湿衣襟的潘季驯马上放下手上的工作，按照朝制回籍丁忧，为老母亲守陵去了。
话说到了明穆宗隆庆三年（1569）7月，黄河在沛县决口，次年7月又决邳州（今江苏睢宁县古邳镇），运河100多里淤为平陆。
工部尚书兼总理河漕朱衡将灾情奏报朝廷，登位第三年的穆宗朱载垕惊慌失措。
惊慌失措中想到了先皇重用过的潘季驯。8月，第二次任命潘季驯总理河道兼提督军务，速速赶往灾区，再次协助工部尚书兼总理河漕朱衡抢险救灾。
接到皇命，带着丧母的哀痛，丁忧尚未期满的潘季驯赶回赴任。
离任三年的潘季驯到任后，仔细地研究现状认为，根本之计在于“筑近堤以束水流，筑遥堤以防潰决，”提出“加堤修岸”和“塞决开渠”两种办法。工部尚书兼总理河漕朱衡觉得此方案可行，决定着手实施。
潘季驯亲自督率民工5万余人，堵塞决口11处，解除了河患，徐州至邳州西岸修筑缕堤3万余丈，疏浚匙头湾（在古邳镇附近）以下淤河，并恢复旧堤，河水受束，急行正河，冲刷淤沙，使河道深广如前，漕运大为畅通。
像上次堵塞决口一样，就在工程快要完成时，突然，河水暴涨，堤防潰决，险恶万分。此时，潘季驯正患背疮，趴在床难以动弹。闻得险讯，潘季驯拨开劝阻他的人，披衣而起，忍着剧痛，直奔险地。
洪水滔滔不绝，肆意漫过堤顶。
“潘总，撤吧！危险！”
潘季驯沉着冷静：身为朝廷大员，怎可临危而惧，张慌退缩，置运河于不顾，置百姓的生命财产于不顾！只要我还有一口气，就决不下堤！
在潘季驯无惧无畏精神的感召下，一些已逃离大堤的民工又返了回来。他们按照潘季驯的指挥，将一筐筐装满石块的篾织条笼推下决口处……
经过几昼夜的奋战，终于度过了险情。
分流与筑堤，历来是治河争论的重点。
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三落四起战黄河（3）
黄河是条地上悬河，加之古有大禹治水的成功经验，因此，自古以来“分流杀势”之议就十分盛行。后来主张“分流”的人，虽然大都不排斥筑堤，但仅是用堤坝来约拦水势而已。在潘季驯治河之前，这种论点一直占据着绝对优势的地位。他们认为，黄河源远流长，洪水期间，波涛汹涌，下游河道过洪能力小，常常漫溢为患，“利不当与水争，智不当与水斗”，只有采取分流的办法，才能杀水势，除水患。这些分流论者，只知“分则势小，合则势大”，却忽视了黄河多沙的特点。由于黄河多沙，水分则势弱，从而导致泥沙沉积，河道淤塞。这种情况的出现，主要是河道的输沙能力与水流的流速成正比例关系，与清水河的分流是完全不同的。明代前200年中，过分分流的结果不但没有使河患稍有停息，反尔造成了此冲彼淤、靡有定向的局面，灾害愈演愈烈，更加不可收拾。
经过多年的深入调查研究，特别是亲历的两次堵决的实践，潘季驯人认为，一味的“分流杀势”是行不通的。
人们对黄河泥沙的认识经历了一个很长的过程。汉朝和宋朝已有不少人分析了泥沙淤淀与流速的关系问题，他们认为：“河遇平壤滩漫，行流较迟，则泥沙留淤；若趋深走下，湍急奔腾，惟有刮除，无由淤积。”当朝人万恭也提出：“夫水专则急，分则缓，河急则通，缓则淤，治正河可使分而缓之，道之使淤哉？今治河者，第幸其合，势急如奔马，吾从而顺其势，堤防之，约束之，范我驰驱，以入于海，淤安可得停？淤不得停则河深，河深则水不溢，亦不舍其下而趋其高，河乃不决。故曰黄河合流，国家之福也。”这正是对泥沙运行规律的初步认识。他还提出“堤以束水”的建议。然而，这只是泛泛而谈，很少有人从理论上提出过像潘季驯“筑堤束水，以水攻沙”这样坚定而明确的治理意见。
所谓“束水攻沙”，就是根据河流底蚀原理，在黄河下游两岸修筑坚固的堤防，不让河水分流，束水以槽，加快流速，把泥沙夹送海里，减少河床沉积。
一言既出，石破天惊！
潘季驯的“束水攻沙”论一出，立时遭到了传统势力的围剿。许多人站出来竭力反对筑堤束水，他们怀疑黄、淮合流，水量增大，会使决口和泛滥更加严重，依然主张运用传统的“分流杀势”之法，开筑支河，分流防洪。
潘季驯不为所动，力排众议，坚持己见：分流虽然能杀势，但这个办法只适用于水清河流，而对黄河则不适用。黄流最浊，以斗计之，沙居其六，若至伏秋，则水只居其二矣。以二升之水载八升之沙，非极迅溜，必致停滞。水分则势缓，势缓则沙停，沙停则河饱，尺寸之水皆由沙面，止见其高。水合则势猛，势猛则沙刷，沙刷则河深，寻丈之水皆由河底，止见其卑。筑堤束水，以水攻沙，水不奔溢于两旁，则必直刷乎河底。一定之理，必然之势，此合之所以愈于分也。（水）分则势缓，势缓则沙停，沙停则河饱，河饱则水溢，水溢则堤决，堤决则河为平陆，而民生之昏垫，国计之梗阻，皆由此矣。筑塞似为阻水，而不知力不专而沙不刷，阻之者乃所以疏也。合流似为益水，而不知力不弘则沙不涤，益之者乃所以杀之也，旁溢则水散而浅，返正则水束而深……借水攻沙，以水治水，如此而已。（参见潘季驯《河防一览》一书）
——在这里，潘季驯深刻地阐明了黄河的特性，以及水与沙、分与合、塞与导的辩证关系。“束水攻沙”的核心的突出治沙，从而实现治黄方略由分水到合水，由单纯治水到沙、水综合治理的历史性转变。这一理论的提出，改变了以前治黄时仅靠人力和工具来疏浚的传统方法。
然而，潘季驯不顾一切、大声疾呼他的“束水攻沙”理论，显然是书生气太重了。身为朝廷重臣应该懂得，朝廷的任何举动都是政治。“束水攻沙”自提出的第一天起就是极其敏感的###。###的本来法则在于执著于事情的性质而不在于事情的内容。而当原则争辩一旦成为快意恩仇，人身迫害也就不可避免，激进的潘季驯的命运也就可想而知了。
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三落四起战黄河（4）
果不其然，隆庆五年（1571）12月，执意要将“束水攻沙”理论付诸实践的潘季驯遭到诬告，被撤销了一切职务。
“官可以不当，志决可改！”
铁骨峥峥潘季驯掷下这句话后，踏上归乡之路。
眼前是寒冷的北方的兀自耸立。风像一群饥饿的狼在大平原上疯狂地嚎叫、奔逐，树抖动着干瘦的枝干发出尖利的呼啸，田野如同一只皲裂的手在默默地忍受着疼痛。太阳在天空中如一面铜镜，躲在云的后面，阳光的热量被过滤到大气层外，只将白晃晃的寒冷照耀到土地上，像久封初开的利刃散发出逼人的寒气，原野坚定而又倔强地裸露着它的胸膛，迎接风的利刃。
沧海横流，方显英雄本色。没有横流的沧海，有些人总是要忽略、乃至迫害英雄的。
这是英雄的无奈。这也是英雄的宿命。这更是英雄之所以是英雄的原因。
5年之后，万历四年（1576）8月，黄河在徐州决口，次年又决崔镇（今江苏泗阳西北）等处，黄、淮交汇之地清口淤塞，黄水北流；淮决高家堰，全淮南徙，灾情严重异常。
面对黄、淮的恣意肆虐，朝廷一筹莫展，无计可施。
举望朝廷，官员济济一堂。可是，在这济济一堂的朝臣中，能说得头头是道的人很多、很多，能挑别人毛病直至陷害别人的人很多、很多，而能上马征战、杀敌御辱的人很少、很少，能治水有佳策、驭民有良方的人很少、很少。
多事之秋间、危难关头时，朝廷再次想到了因务实遭人诬告陷害而被撤职的潘季驯。
想到潘季驯的是大明朝力主改革的宰相张居正。
面对黄、淮巨灾，面对无数百姓命丧洪流、流离失所，张居正深以为忧。在一次接一次朝议灾情时，他将潘季驯重新推了出来，竭力主张再次启用这位难得的治水人才。
神宗皇帝举目四望，眼前冠盖如云。可在这冠盖如云的大臣中竟无一人可用：不用潘季驯还能用谁呢？
万历六年（1578）2月，潘季驯被第3次被朝廷起用。
革职赋闲在家的潘季驯，没有像前两次那样应诏即刻启程赴任。艰难世事的磨励已经使他懂得，只给责任没有与责任相等同的权利，就会重蹈第二次任内多受制肘，最终被革职罢免的覆辙。没有相应的权利，令可老死乡野，决不复出。
主意拿定，潘季驯展纸濡墨，上疏朝廷：
治河是件十分困难的事，特别是劳师动众，稍有不慎，就会广生怨言，涣散军心，对治河工作影响极大。请求朝廷赋时良以行事的必要权力，使时良遇事时能独立处置，能当机立断。如是，时良向朝廷立军令状：3年为限，如治河不见成效，甘受军法论罪。
是潘季驯对治河事业的信心和认真负责的精神感动了万历皇帝？还是面对危境万历皇帝别无选择？最后的结果是万历皇帝接受了潘季驯疏中提出的全部要求——
朕命潘季驯为都察院右都御史兼工部侍郎、总理河漕兼提督军务。河北、河南、山东和江苏等黄、运所经区域巡抚一律听从潘季驯指挥，文官五品以下，武官四品以下，凡对治河工作有阻碍者，可由潘季驯直接提审惩罚；有功劳者，可由潘季驯直接保荐升赏。
——获得万历皇帝的如�